Pro registraci na Intrastat a podávání hlášení je místně příslušný celní úřad se stanovenou místní působností k adrese sídla firmy nebo místa trvalého pobytu zpravodajské jednotky.
Pro subjekty, která nemají v ČR své sídlo, místo podnikání nebo provozovnu (a jsou registrované v ČR k DPH), je místně příslušným celním úřadem pro Intrastat Celní úřad v Plzni, se sídlem na adrese: Antonína Uxy 945/11, 301 00 Plzeň.
Seznam celních úřadů a jejich územní působnost je uvedena Zákoně o Celní správě České republiky (§ 6 zákona č. 17/2012 Sb.).
Celní úřad v Praze, vykonává působnost ve správním obvodu hlavního města Prahy.
Celní úřad pro Středočeský kraj, vykonává působnost ve správním obvodu Středočeského kraje.
Celní úřad v Plzni, vykonává působnost ve správním obvodu Jihočeského kraje, Karlovarského kraje a Plzeňského kraje.
Celní úřad v Liberci, vykonává působnost ve správním obvodu Královéhradeckého kraje, Libereckého kraje, Pardubického kraje a Ústeckého kraje.
Celní úřad v Brně, vykonává působnost ve správním obvodu Jihomoravského kraje a Kraje Vysočina.
Celní úřad v Ostravě, vykonává působnost ve správním obvodu Moravskoslezského kraje, Olomouckého kraje a Zlínského kraje.
